Im Zentrum der Stadt blieben nur wenige Gebäude - unter ihnen das gotische Rathaus und die Marienkirche - erhalten. Bald nach der Einnahme der Stadt durch die Rote Armee setzten sie den Arzt Dr. Ruge, als Oberbürgermeister ein.

Die von ihm aufgebaute Stadtverwaltung stand vor den fast unlösbaren Aufgaben, die Enttrümmerung der Stadt und die Versorgung der sich ständig vergrößernden Bevölkerung zu organisieren. Hinzu kam die der Stadt als Grenzstadt zugedachte Bedeutung für die Flüchtlinge und Heimkehrer aus der Gefangenschaft.

1952 wurde Frankfurt, als in Durchsetzung eines zentralistischen Staatsaufbaus in der DDR die Bezirke geschaffen wurden, Bezirksstadt für den Bezirk Frankfurt (Oder). Nach der Enttrümmerung der Stadt begann 1951 mit dem Bau der neuen Bahnhofstraße der Wiederaufbau der Stadt. Bei der Errichtung der neuen Stadtviertel wurde die noch vorhandene alte Haussubstanz vernachlässigt.

Der wichtigste Betrieb der Stadt war das Halbleiterwerk, in dem bis zu 8000 Beschäftigte arbeiteten.