Das Museum Viadrina bietet in der Dauerausstellung und wechselnden Expositionen die Möglichkeit, sich mit Frankfurts bedeutender Rolle im Mittelalter, der Geschichte der Alma Mater Viadrina, militärgeschichtlichen Aspekten, Frankfurts reicher und berühmter Musikgeschichte und Frankfurts Schicksal in und nach dem Zweiten Weltkrieg zu beschäftigen.
Das Museum unterhält noch weitere Ausstellungen in drei Außenstellen: die Gedenk- und Dokumentationsstätte "Opfer politischer Gewaltherrschaft", die Ausstellung "Willkommen in der Heimat" über die Rückkehr von Kriegsgefangenen nach dem Zweiten Weltkrieg in der Hornkaserne (Polizeipräsidium Ost), Nuhnenstraße 40 sowie eine Dauerausstellung zum Leben von Carl Philipp Emanuel Bach in der gleichnamigen Konzerthalle, Lebuser Mauerstr. 4.